Schon früh wurde erkannt, dass nebst der Rheinkorrektion auch eine Regulierung der Binnengewässer notwendig war. Im 19. Jahrhundert wurden bereits verschiedene kleinere Projekte für die Binnengewässer entworfen und einzelne Massnahmen auch umgesetzt - mit mässigem Erfolg. Erst der Staatsvertrag zwischen Österreich und der Schweiz im Jahre 1892 ermöglichte es, nebst der Rheinregulierung auch die Binnengewässerkorrektion wirkungsvoll an die Hand zu nehmen. 

Vorfluter unterhalb St. Margrethen
Dank der Einleitung des Rheins in den Fussacher Durchstich stand der alte Rheinlauf von St. Margrethen bis zum Bodensee als wirkungsvoller Vorfluter für den Rheintaler Binnenkanal zur Verfügung. Dieser Hauptkanal sollte dann zur Entwässerung für die ganze Rheinebene von St. Margrethen bis Sennwald dienen. 

Schwierigkeiten während Bau
Mit der Verlegung von Bahn und Strasse wurden ersten Vorarbeiten für den Bau des Rheintaler Binnenkanals 1894-1895 am Monstein vorgenommen. Der Kanal selbst wurde in den Jahren von 1896 bis 1906 erstellt. Doch in den ausgedehnten Torfstrecken waren grosse Schwierigkeiten zu überwinden. Auch Hochwasser während der Bauzeit brachten erhebliche Mehrkosten mit sich. 

Wasserkraftwerke zur Stromgewinnung
Damit keine übermässig grossen Kanaltiefen entstanden, erforderten die Gefällverhältnisse den Bau von Absturzbauwerken bei Lienz, Blatten und Montlingen. Bei diesen drei Gefällsstufen wurden dann Wasserkraftwerke zur Stomgewinnung errichtet, die auch heute noch einen wichtigen Beitrag zur regionalen Stromversorgung leisten.

Mit der Vollendung des Rheintaler Binnenkanals konnte die Ebene wirkungsvoll entwässert und weitere Gewässerkorrektionen in Angriff genommen werden.